《神奇动物：邓布利多之谜》于4月15日在北美上映，首周末票房数据十分惨淡，粗报为4300万美元，这一数据远低于前作《神奇动物：格林德沃之罪》的首映表现，为三部"神奇动物"系列电影最低（前两部北美开画成绩依次为7400万和6200万）。
海外票房方面，周末再揽7170万美元，其中表现好的海外大票仓包括德国1710万美元、日本1690万、英国1670万、中国内地1470万等。助力影片全球累计票房达1.934亿美元。
报道称，该片耗资2亿美元拍摄，但口碑和票房均不敌前作，能否收回成本成了华纳头疼的问题。而此前也有消息称，华纳对这个IP的未来前景不太看好，因新作表现不佳、吸金能力下降，以及约翰尼·德普、J·K·罗琳、埃兹拉·米勒的各种问题状况，华纳或将提前终结《神奇动物》系列。